ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിൻ്റെ പ്രാരംഭ കാലഘട്ടത്തിൽ പൊതുവെ മറ്റു പ്രദേശങ്ങളെ പോലെ നമ്മുടെ പ്രദേശത്തും അവർണ്ണ ജനവിഭാഗങ്ങൾക്ക് ആരാധനാ സ്വാതന്ത്ര്യം നിഷേധിക്കപെട്ടിരുന്നു. ഈ സമയത്ത് തൃശ്ശൂർ ജില്ലയിലെ തീരപ്രദേശമായ നമ്മുടെ മണപ്പുറം മേഖലയിലും സവർണ്ണരുടെ അധീനതയിലുള്ള പല മഹാക്ഷേത്രങ്ങളും ഉണ്ടായിരുന്നു. അവർണ്ണർക്ക് ആ ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ പ്രവേശിക്കുവാനോ തൊഴുതു പ്രാർത്ഥിക്കുവാനോ അനുവാദം ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. എന്നാൽ ഈ കാലഘട്ടത്തിൽ തിയ്യ വിഭാഗത്തിലെ ആയുർവ്വേദ വൈദ്യന്മാരാൽ പ്രശസ്തമായിരുന്നു നമ്മുടെ എടമുട്ടം പ്രദേശം. പൊക്കാഞ്ചേരി ചന്തുവൈദ്യരും അദ്ദേഹത്തിൻറെ പ്രധാന ശിഷ്യനായ ചോലയിൽ കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യരും പല സവർണ്ണ ഗൃഹങ്ങളിലും രാജകൊട്ടാരങ്ങളിലും പോയി അവിടെയുള്ള രോഗികളെയെല്ലാം ചികിത്സിച്ച് സുഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
അഭിനവധന്വന്തരി എന്ന പേരിൽ സുപ്രസിദ്ധനായിരുന്നൂ ചോലയിൽ കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യർ. ലോകഗുരുവായ ശ്രീനാരായണ ഗുരുദേവനും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഗൃഹസ്ഥ ശിഷ്യനുമായി നിരന്തരം അടുത്തിടപഴകുവാൻ ഭാഗ്യം സിദ്ധിച്ച പണ്ഡിതശ്രേഷ്ഠനുമായിരുന്നു അദ്ദേഹം. മനുഷ്യൻ്റെ ജന്മാവകാശങ്ങളിൽ ഒന്നായ ആരാധനാസ്വാതന്ത്ര്യം നിഷേധിക്കുന്നതിലൂടെ ജനങ്ങൾ വിഷമിക്കുന്നത് കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യർ മനസ്സിലാക്കിയിരുന്നു.
ആ കാലഘട്ടത്തിൽ എടമുട്ടത്തെ പാലപ്പെട്ടി ഭഗവതി ക്ഷേത്രം സവർണ്ണരുടെ ക്ഷേത്രമായിരുന്നു. ഈ ക്ഷേത്രത്തിൽ സവർണ്ണർ അല്ലാത്തവർക്ക് ദേവിപ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് മുൻപിൽ ചെന്ന് ദർശനം നടത്തുവാനുള്ള അവകാശം ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. അവർണ്ണർക്ക് കൂത്തമ്പലം വരെയായിരുന്നു പ്രവേശനം. ഒരിക്കൽ കളരി അഭ്യാസിയായ പട്ടാലി മാമാ ഭഗവതി ക്ഷേത്രത്തിലെ ഉത്സവ സമയത്ത് ക്ഷേത്ര സമീപത്തേക്ക് പ്രവേശിച്ചതിനെ തുടർന്ന് ചില അഭിപ്രായവ്യത്യാസങ്ങളും സംഘട്ടനങ്ങളും ഉണ്ടായി. പിന്നീട് ക്ഷേത്രം ഭാരവാഹികൾ എടമുട്ടം, കഴിമ്പ്രം ദേശങ്ങളിലെ അവർണ്ണ വിഭാഗക്കാരെ പ്രതിചേർത്ത് കൊച്ചി മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതിയിൽ കേസ് കൊടുക്കുവാനിടയായി. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ അവർണ്ണരായ നാനാ ജാതി ഹിന്ദുക്കൾക്കും ഒരു ആരാധനാലയം അത്യാവശ്യമാണെന്ന് തോന്നൽ ശക്തമായി. ഇതിനായുള്ള പരിശ്രമങ്ങൾക്ക് ചോലയിൽ കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യർ നേതൃത്വം വഹിച്ചുകൊണ്ട് കഴിമ്പ്രം,എടമുട്ടം,പള്ളിപ്രം,എടത്തിരുത്തി,ചെന്ത്രാപ്പിന്നി ദേശങ്ങളിലെ പൗരപ്രമുഖന്മാർ ഒത്തൊരുമിക്കുകയും എടമുട്ടത്ത് ഒരു മഹാക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കുവാൻ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യർ ₹250/- ക്ഷേത്ര ഫണ്ടിലേക്ക് സംഭാവനയായി നൽകുകയും ചെയ്തു. ഇപ്രകാരം സാമ്പത്തികമായി സഹായിച്ചതിനു പുറമെ ക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ സ്ഥലം തൻ്റെ അനുജനായ ശ്രീ ചാത്തുണ്ണി മാസ്റ്ററെ കൊണ്ട് കൊടുപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. പ്രസ്തുത സ്ഥലം പിന്നീട് ക്ഷേത്രം ഭാരവാഹികൾ ഭൂമിയുടെ ഉടമസ്ഥർക്ക് പണം നൽകി ക്ഷേത്രത്തിനു സ്വന്തമാക്കി.
തൻ്റെ സഹധർമ്മിണിയായ കുഞ്ഞിക്കാളിയുടെ ആകസ്മിക നിര്യാണത്തോടെ കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യർ ഒരു ആശ്രമം സ്ഥാപിച്ച് സന്യാസജീവിതം നയിച്ചിരുന്നു. ഈ കാലഘട്ടത്തിലാണ് ശ്രീനാരായണ ഗുരുദേവൻ ചികിത്സക്കായി കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യരുടെ ആശ്രമത്തിൽ എത്തിയത്. ഗുരുദേവനോട് ക്ഷേത്രത്തിൻറെ കാര്യത്തെക്കുറിച്ച് അറിയിച്ചപ്പോൾ അന്നത്തെ രാമാനുജ വൈദ്യശാലയുടെ അടുത്തേക്ക് ഗുരുദേവൻ വന്നെത്തുകയും പരിസരം കണ്ടിട്ട് "ദൈവികസാന്നിധ്യമുള്ള സ്ഥലമാണ്, വർക്കല പോലെ മനോഹരമായിരിക്കുന്നു" എന്ന് അഭിപ്രായപ്പെടുകയും ചെയ്തു. പ്രദേശവാസികളുടെ ശ്രമഫലമായി ക്ഷേത്രനിർമ്മാണം ആരംഭിക്കാനിരിക്കുന്നതിനിടയിൽ ഗുരുദേവൻ വീണ്ടും വരികയും ക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കേണ്ട സ്ഥലത്ത് ഇരുമ്പ് കൊണ്ടുള്ള "വേൽ" സ്ഥാപിച്ചു കൊണ്ട്, പണിതുയരുന്ന ക്ഷേത്രത്തിനു "ശ്രീ ഭദ്രാചല സുബ്രഹ്മണ്യ ക്ഷേത്രം" എന്ന് നാമകരണം ചെയ്യണമെന്നും, ജാതിമതഭേദമന്യേ എല്ലാ മതസ്ഥർക്കും ആരാധനാ സ്വാതന്ത്ര്യം അനുവദിക്കണമെന്നും അതിലൂടെ അവർണ്ണനും സവർണ്ണനും തമ്മിലുള്ള വേർതിരിവ് ഇല്ലാതാകണമെന്നും നിർദേശിച്ചു. ക്ഷേത്രനിർമ്മാണം പൂർത്തീകരിച്ചാൽ "ശ്രീമുരുക ഭഗവാൻറെ" വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിക്കുവാനായി ശിവഗിരിയിൽ നിന്ന് ഗുരുദേവൻറെ ശിഷ്യനായ നരസിംഹ സ്വാമികളെ അയക്കാമെന്നും പറഞ്ഞു. അതുപ്രകാരം പിന്നീട് നരസിംഹസ്വാമികൾ വന്ന് പ്രതിഷ്ഠ നിർവഹിച്ചു. കുഞ്ഞുമാമി വൈദ്യരുടെ ശിഷ്യനായ കുമ്പളപറമ്പിൽ രാമൻ വൈദ്യർ ക്ഷേത്രത്തിൻറെ നേരെ മുൻവശത്ത് ഒരു ആൽമരം നടുകയുണ്ടായി. നാട്ടുകാർ അത്യന്തം ഉത്സാഹത്തോടുകൂടിയാണ് ക്ഷേത്രനിർമ്മാണ ബിംബ പ്രതിഷ്ഠാ കർമ്മങ്ങളിൽ പങ്കെടുത്തത്. പ്രസ്തുത ക്ഷേത്രം സ്ഥാപിതമായതോടുകൂടി പ്രദേശത്ത് അത്യപൂർവ്വമായ ആഹ്ളാദവും ഐശ്വര്യവും സമാധാനവും കാണുവാനായി. പ്രതിഷ്ഠാകർമ്മത്തിനു ശേഷം അന്നത്തെ പ്രസിദ്ധ ഗായകനായിരുന്ന പാടൂർ ഗുൽമുഹമ്മദ് ഭാഗവതരുടെ സംഗീത കച്ചേരിയും ഉണ്ടായിരുന്നു.
31/2 ഏക്കർ സ്ഥലത്താണ് നമ്മുടെ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്.1993 ൽ ക്ഷേത്രം പുതുക്കി പണിത് പുനപ്രതിഷ്ഠ നടത്തി.2001- ൽ ഫെബ്രുവരി 1-ാം തീയതി ധ്വജ പ്രതിഷ്ഠയും നടത്തി.
1898-ൽ ശ്രീ നാരായണ ഗുരുദേവൻ ക്ഷേത്രത്തിന് സ്ഥാനം നിർണ്ണയിച്ച് സ്ഥാപിച്ച വേൽ ഇന്നും ക്ഷേത്രത്തിൽ പരിപാലിച്ച് പോരുന്നു